El Sistema Estatal de Fiscalización, surge en el año de 2012 como un acuerdo de voluntades que establece un modelo de vinculación institucional entre los organismos auditores del Estado de Baja California, con el fin de impulsar el fortalecimiento de la auditoría, control y evaluación de la administración pública, tendiente a la implementación del Sistema Nacional de Fiscalización; así como derivado de las reformas constitucionales publicadas en 2015, se incorpora el cumplimiento de los objetivos de los sistemas nacional y local en materia anticorrupción.